在这个版本中玩家将游戏的整个画面和人物都得到了完美的改善，软件下载 怎么样在枪支方面也得到了很多的添加，但游戏的剧情却没有修改，游戏还是发生在一颗被外太空陨石砸了个坑的地球上，但其实是外太空飞船入侵时所造成的，玩家需要帮助地球重新回到当初的画面，就必须打败这些怪物，得到最终的胜利！
携带武器量扩充；火叛联军抓住了派遣的小队，但是火星人突然惊慌起来，因为另一个外星种族出现了，而且它们开始拐卖并且吃掉火星人，但是它们并没有伤害在场的人类叛军。合金弹头6 加强版有传言说正规军收到消息说叛军企图重建海底的Rootmars(3代最终BOSS)借此支配世界，但是真正的情况变成了Rootmars必须重建才能打败新的外星种族。然而，在重建过程中被敌方的外星种族发现了，叛军受到了攻击，最后只剩一半军力。...
